La serie narra le vicende di un gruppo di soldati di ventura conosciuti come "Lagoon Company" e specializzati nella consegna delle merci più disparate, uomini che si trovano sempre a dover combattere con altri malviventi, gang locali ed ex militari allo sbando.
La loro base operativa è localizzata nella città di Roanapura in Thailandia e effettuano i colpi con la loro barca Black Lagoon.
Personaggi fondamentali del racconto sono l'affascinante Revy, ragazza cresciuta tra soprusi e violenza e Rock, un giovane che da vittima dell'associazione "Black Lagoon" ne diventa parte attiva, riuscendo ad imporsi nel corso del tempo come leader carismatico, usando doti diplomatiche e non modi violenti.
